专项审计代理公司在专项审计过程中，要充分发挥内部审计的独立性和专业性，深入挖掘问题根源，分析问题成因，并提出针对性的整改建议。与被审计部门充分沟通，协助其理解审计发现的问题，共同探讨改进措施，提高审计成果的转化率。同时，加强对整改落实情况的跟踪督查，确保审计发现问题得到切实解决，提升审计成效。

专项审计代理公司要建立健全审计制度，提升审计规范性。完善内部审计制度体系，确保审计工作在法治轨道上运行。明确审计职责、审计程序、审计报告等方面的规定，规范审计行为，提高审计质量。同时，加强对审计过程的监督和评价，确保审计工作依法依规进行，提升审计成果的权威性和公信力。

专项审计代理公司需创新审计方法，提高审计成效。积极探索数字化、智能化等新技术在专项审计中的应用，提高审计效率。例如，利用大数据分析、人工智能等技术手段，快速定位审计重点，发现问题线索。此外，加强与外部审计机构的合作，借鉴其先进经验和方法，提升内部专项审计的水平。